Né à Porrentruy le 31 octobre 1859 de Louis Stouff, inspecteur d'académie et de Marie Anne Béchaux. Après une licence de lettres il passa son doctorat en droit en 1884 à l'Université de Grenoble, puis un doctorat d'histoire en 1891, avec une thèse sur les institutions de l'évêché de Bâle au Moyen Âge.

De 1891 à 1931 il enseigna l'histoire médiévale et la paléographie à l'université de Dijon. Ses publications portent essentiellement sur l'histoire de la Bourgogne, de l'Alsace et de l'ancien évêché de Bâle au Moyen Âge.

D'après le dictionnaire historique de la Suisse